Σήμερα αναγνωρίζονται από όλους τα διαρθρωτικά και λειτουργικά προβλήματα τα οποία έχουν συσσωρευθεί στον ΟΣΕ. Ταυτόχρονα όμως τυγχάνει καθολικής αναγνώρισης το γεγονός ότι ο σιδηρόδρομος αποτελεί το πλέον περιβαλλοντικά φιλικό, ασφαλές και οικονομικό χερσαίο μέσο μεταφοράς, με ευρύτατη κοινωνική αποδοχή στην Ευρώπη και διεθνώς.

Στο πλαίσιο αυτό προβάλλει ως αδήριτη ανάγκη ο εξορθολογισμός της λειτουργίας του ΟΣΕ και η ανασυγκρότησή του. Το σχέδιο ανασυγκρότησης του Ομίλου ΟΣΕ περιλαμβάνει κυρίως τα ακόλουθα κρίσιμα στοιχεία:

• Πλήρη εξορθολογισμό των αναγκών σε προσωπικό που είναι απαραίτητο για τη λειτουργία του δικτύου του ΟΣΕ.
• Επανεξέταση του συνόλου του δικτύου του ΟΣΕ με στόχο τον περιορισμό των ζημιών σε τμήματα του δικτύου με χαμηλή επιβατική ή εμπορευματική κίνηση.
• Αντιστοίχιση των επενδύσεων με πραγματικούς στόχους τόσο σε όρους σκοπιμότητας, όσο και σε όρους οικονομικής εφικτότητας.
• Αξιοποίηση της μεγάλης ακίνητης περιουσίας του Ομίλου, με τη χρήση σύγχρονων εργαλείων και μεθόδων, με στόχο τη μεγιστοποίηση της οικονομικής απόδοσης, αλλά και με σεβασμό στο περιβάλλον και τον πολιτισμό.
• Εξορθολογισμό των δαπανών, μέσω της χρησιμοποίησης σύγχρονων και αποτελεσματικών μεθόδων διαχείρισης, καθώς και μέσω της επανεξέτασης των Κανονισμών που διέπουν το μισθολογικό κόστος.

Η οργανωτική ανασυγκρότηση του ΟΣΕ βρίσκεται στην τελική ευθεία από τις αρχές του 2011. Ήδη δε, σε υλοποίηση του νέου θεσμικού πλαισίου πραγματοποιήθηκαν οι διαδικασίες απορρόφησης της πρώην θυγατρικής εταιρείας ΕΔΙΣΥ ΑΕ από τον ΟΣΕ ΑΕ.